Au XVIIe siècle l’État et l’Église sont extrêmement liés. Proposer un ouvrage qui remet en cause la religion en tant qu’institution, et qui propose des alternatives politiques, est une entreprise très risquée. Par crainte de poursuites politiques et religieuses, Spinoza publie donc cet ouvrage sans nom d’auteur et avec une fausse adresse d’éditeur. Le texte lui fut cependant rapidement attribué.
Spinoza veut montrer qu’il n’est pas un athée, mais qu’il perçoit la religion différemment. Il se forme une idée différente de celle de l’Église, dont il dénonce les déformations apportées sur la religion. Il parle d’un vrai Dieu. Spinoza montre que la théologie, c’est-à-dire l’étude de la religion, des textes sacrés et des dogmes, laisse à tout être le droit de philosopher. Cette liberté d’avoir les idées que chacun souhaite ne provoque aucun risque pour la paix de l’État et le droit du souverain.
Spinoza commence par critiquer et condamner la superstition. Croire en des miracles par exemple suppose de croire en l’arrêt momentané des lois de la nature, pour laisser place à l’intervention divine. Or pour Spinoza, il est impossible que la nature n’obéisse plus à ses propres lois. Il dénonce l’instrumentalisation de ces superstitions par les grandes autorités, qui gouvernent par la peur.
Spinoza sépare foi et raison. Il défend la raison et la recherche de la vérité par la philosophie. Car plus l’on connaît le monde, plus l’on connaît Dieu. La foi, elle, suppose l’obéissance et la bonne conduite. Spinoza reconnaît cependant dans la religion des principes philosophiques qui lui sont chers, comme la paix universelle, la justice et la charité pour assurer le bien-être social. Il montre donc qu’il faut mettre de côté l’aspect métaphysique de la religion, pour se centrer sur ses réflexions morales. Il conseille aussi de se méfier de l’exégèse, c’est-à-dire de l’interprétation des textes sacrés, qui sont rédigés par des hommes. Pour lui, l’écriture sacrée, la parole de Dieu, ne doit pas être interprétée.
Spinoza élargit ensuite son propos sur la liberté. L’homme est un être gouverné par les désirs. Il se croit libre, mais est conditionné par ses désirs. Seul un homme qui suit sa raison saurait être libre. L’homme a besoin des lois qui assurent sa sécurité. Tant que l’homme naturel est un être de désirs, il a besoin de l’État qui gouverne avec raison pour le guider. Spinoza pense donc que la démocratie est la forme politique qui exerce le plus la raison.
« Où il est montré que dans une libre république, il est permis à chacun de penser ce qu’il veut et de dire ce qu’il pense ».